Součást Kyklád
Řecký Mykonos patří do souostroví Kyklad a leží zhruba na půli cesty mezi Řeckem a Tureckem, v průzračně čistých vodách Egejského moře. Asi 10 kilometrů severozápadním směrem od Mykonu se nachází ostrov Tinos, jižně od ostrov Mykonos pak leží ve vzdálenosti něco málo přes 20 kilometrů ostrovy Paros a Naxos.
Skalnatý ostrov
Rozloha ostrova Mykonos činí jen něco málo přes 80 kilometrů čtverečních. Hlavní město bylo pojmenováno stejně jak ostrov samotný, tedy Mykonos. Má především skalnaté žulové podloží a to je důvodem, proč se i na Mykonu, podobně jako na většině řeckých ostrovů v Egejském moři, obyvatelé a turisté na dovolené občas potýkají s nedostatkem pitné vody a musí s vodou šetřit.